Keroro軍曹超劇場版3-Keroro對Keroro天空大決戰

故事講述冬樹與Keroro小隊去印加帝國的馬丘比丘遺跡參觀，讓喜歡神事物的冬樹非常高興，可是Keroro卻只想著侵略地球的事，小隊一行人在遺跡裡亂晃，卻發現自己迷了路，還意外觸動”某個突發事件”，讓一行人只得緊急逃出，回到東京後，Keroro小隊遇上了一群神秘的隊伍。這個和Keroro長的一模一樣的”黑暗Keroro”，正準備要侵略地球，他帶著部下Sibaba、Doruru和Miruru在世界各地行動，面對黑暗小隊，正牌Keror小隊要如何反擊？這個世界又將變成什麼樣子？本片同場加映短篇電影《武者Kero宣佈！戰國藍星大戰鬥！！》，內容是交不出地球侵略報告的懲罰，Keroro小隊被K隆星本部要求製作特別訓練計劃。如果不打敗武者就不充許返回地球，所以Keroro小隊身披鎧甲展開大戰鬥。