為了擊敗志志雄真實密謀推翻新政府的野心,劍心從東京來到京都與志志雄及旗下之十本刃劍客面對面對決,可是原來志志雄故佈疑陣,他的侵襲地點原來是東京,他的戰艦亦開往東京途中。為了救回神谷薰(武井咲飾),劍心墮海漂流到一個沙灘,劍心被比古清十郎所救並授以劍心新劍術,另一方面,志志雄真實得知劍心還未死去,立即派遣被他控制的新政府成員追殺劍心,在連場激戰下,劍心如何以不殺誓言面對敵人?