外星人入侵地球,四隻在混亂中被沖到下水道的寵物龜:李奧(Leo)、拉斐(Raph)、多納(Don)及米奇(Mikey),因受外星輻射物質感染,產生異變成為人形!牠們大難不死,更獲高人傳授東方武術及忍者神功,成為地球對抗外星侵略者的最後武器…