寇克艦長仍率領聯邦星艦企業號，進行例行性訓練任務，但他卻意欲求去，讓這次太空任務成為他的職場生涯中的最後一次任務。但寇克的死對頭可汗卻從獄中脫逃，並劫走極秘密的「創世計劃」，最後找上他的敵人寇克決一死戰…