劇場版 藥師少女的獨語 亡妃的秘寶(The Apothecary Diaries Movie: The Deceased Empress’ Treasure)是一部集合劇情、懸疑元素的電影，將會在香港上映但未有公佈上映日期。
皇帝向壬氏（大塚剛央 飾）下達命令，要實現五年前在後宮離世妃子「想回到故鄉」的最後心願。為將遺體送回南方水上都市「未南州」，壬氏帶同毒見役貓貓（悠木碧 飾）踏上旅程。抵達充滿活力的水上都市後，貓貓因遇見從未見過的藥材與植物而心生雀躍，卻發現妃子遺體仍保持宛如生時的美麗樣貌，隱藏巨大謎團。同時，當地橫行的水盜與隱藏財寶的傳聞交織，謎之少年沐清（伊瀬茉莉也 飾）亦捲入其中。秘密、寶藏與生死交錯，一場系列最大規模的謎團正式展開。
劇場版 藥師少女的獨語 亡妃的秘寶主要演員包括配音: 悠木碧、大塚剛央及伊瀬茉莉也，電影由長沼範裕執導並由日向夏及柿原優子編寫劇本。
劇場版 藥師少女的獨語 亡妃的秘寶主要語言為日語，未有通訊事務管理局評級結果。
本作是《藥師少女的獨語》系列首部劇場版，由原作者日向夏親自擔任故事原案，打造完全原創新作，圍繞亡妃遺體之謎與隱藏財寶展開系列史上最大規模的懸疑故事。導演長沼範裕延續電視動畫的執導風格，劇本由柿原優子執筆，動畫製作由TOHO animation STUDIO獨立負責，音樂則延續神前曉、Kevin Penkin與桶狹間有沙的合作。角色設計由中谷友紀子擔任，並新增原創角色沐清，由伊瀬茉莉也聲演。官方同步公開前導視覺圖與預告，呈現水上都市的壯闊場景與洞穴寶藏的緊張氛圍，強調「那道謎團，將引領眾人前往被隱藏的寶藏」。影片定於2026年12月11日於日本上映，與電視動畫第三季時程相呼應，為粉絲帶來大銀幕上的全新推理冒險體驗。